Depois da migração, caso você já era um feliz usuário ubuntu, que possivelmente seguiu o Guia de Formatos Proprietários do wiki brasileiro oficial do ubuntu, dependendo de quando você fez as instalações, alguns formatos poderiam ainda não ter o suporte total.
A solução é bem simples, volte ao guia e repita os passos novamente. O principal deles é baixar e fazer instalação do w32codecs, que melhorará o suporte aos formatos Microsoft (Windows Media Video) e principalmente aos formatos da RealMedia (aqueles videos que você só consegue ver com realplayer no windows, tipo rm rmvb etc).
Fica a dica, espero que seja útil.